Filmin ikinci bölümünde dört iyi arkadaş, Madagaskar' da tanıştıkları lemur kral Julien, yardımcısı Maurice ve onlara sadece ayak bağı olan Mort ile birlikte uçakla Afrika' ya giderler. Burada Alex gerçek ailesini bulur ve onların geleneklerine göre kabul ayinine girer. Ama ayinde kendisine tuzak kuran aslan Makunga ve Alex'in e rakip seçmesini söylediği Tipsy yüzünden Su Çukuru' ndan sürgün edilir. Alex ayrıca gerçek adının Alekey olduğunu da burada öğrenir.